Program Studi Agama-Agama/Perbandingan Agama bermula dari Fakultas Ilmu Agama dan Da’wah (FIAD) Jurusan Ushuluddin yang berdiri sejak 15 September 1964, berdasarkan Surat Keputusan Pimpinan Wilayah Muhammadiyah Jawa Timur Nomor: Kep/003-V/1985, Fakultas Ilmu Agama dan Da’wah (FIAD) tergabung menjadi satu dengan Fakultas Syariah dan Fakultas Tarbiyah dengan nama Fakultas Ilmu Agama Islam (FIAI).
Kemudian
pada tahun
1997 berdasarkan
surat
keputusan Direktur Jenderal Pembinaan Kelembagaan
Agama Islam nomor:
EP.49/1997 tentang
perubahan
nama
dan penetapan
kembali status
program studi
strata satu,
maka FIAD jurusan
Perbandingan Agama
menjadi program studi Perbandingan Agama (PA) Fakultas Agama Islam (FAI).